Ursprünglich war Mühlheim Filial von Empfingen, hatte aber eine eigene Kapelle. Eine Pfarrei wurde erst nach der Reformation errichtet. In Folge der Verödung durch den 30jährigen Krieg war das Dorf zeitweilig Filial, 1636–40 von Bergfelden, 1640–53 des Diaconats in Sulz oder eigentlich Subfilial von Holzhausen.