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Die Stinkmorchel bildet als spätes Anfangsstadium eine als Hexenei bezeichnete kugelige bis breit eiförmige Knolle. Das Hexenei wird etwa 5–6 cm hoch und 5 cm breit, an seiner Unterseite befindet sich ein ca. 1–2 mm dicker Myzelstrang. Aus dem Hexenei wächst, dank der Wasserreserve in der Gallertschicht, der etwa 20 cm lange und 2–3 cm breite, weiße Stiel mit dem Hut heraus. Der Hut oder die Kappe ist den Hüten beispielsweise der Lamellenpilze nicht homolog. Der hohle, an der Basis und der Spitze etwas verjüngte Stiel hat eine löchrige Struktur. Der Hut ist etwa 4,5 cm hoch und 2,5 cm breit und wabenartig strukturiert, auf dem Hütchen selbst ist eine ganzrandige, weiße Scheibe. Die Gleba ist olivgrün bis schwarzgrün, schleimig-flüssig und strömt einen intensiven Aasgeruch aus, wodurch Fliegen angelockt werden. Diese nehmen in wenigen Stunden die Gleba vollständig auf und verbreiten so die Sporen des Pilzes. Zurück bleibt ein weißes Gebilde, das im Volksmund als „Leichenfinger“ bezeichnet wird.
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