Als Fenster zum Anwender setzt LinuxMint auf den Einsatz eigens entwickelter Desktop-Umgebungen wie Cinnamon. Damit soll der erreichte Grad der Integration innerhalb der Distribution dem Nutzer in einfacher und benutzerfreundlicher Form zugänglich gemacht werden. Cinnamon startete als Fork der GNOME Shell, um eine Benutzeroberfläche zu schaffen, die moderne Konzepte von GNOME 3 mit der traditionellen Bedienung von GNOME 2 verbindet. Auch an der Entwicklung von MATE, der Weiterentwicklung der 2010 eingestellten Benutzeroberfläche GNOME 2, sind die Entwickler beteiligt. LinuxMint ist eine der wenigen Distributionen, die ihre bevorzugten Desktop-Umgebungen auf der Basis der eigenen Bedürfnisse und zum Erreichen der selbstgesteckten Ziele selbst entwickeln.