Im Jahre 1429 brachen die Hussiten in der Bischofswerdaer Gegend ein, plünderten die Stadt und legten viele Gebäude in Asche, auch die Kirche blieb nicht ganz verschont. Dieselbe wurde aller Schätze und Heiligtümer beraubt, so daß nach dem Hussitenkriege das Wallfahrten hierher nachließ. Doch der Bischof Caspar von Schönberg verschaffte der ausgeplünderten Kirche St. Nicolai neue Heiligtümer und Reliquien. Da aber betraf die Stadtkirche ein neues Unglück. Im Jahre 1469, am Tage nach Bartolomäi, brach in Bischofswerda ein großes Feuer aus, das in wenigen Stunden die ganze Stadt nebst Kirche zerstörte. Aber Bischof Johann VI. von Salhausen ließ die St. Nicolaikirche zu Bischofswerda wieder von neuem aufbauen. Der Baumeister war Oßwald von der Oelsnitz. Im Jahre 1497 konnte die neue Stadtkirche eingeweiht werden, und Bischof Johann VI. wandte ihr und der Stadt viel „Gnade, Güte und Gunst“ zu, so daß auch das Wallfahrten nach hier wieder zunahm. Auch war es dieser Bischof, der eine besondere Kirchenagende von Gebeten, Kollekten, Gesängen und Lektionen für die Priester verordnete und solche auch in Bischofswerda einführte. Der Verfasser dieser Agende war der gelehrte und gottesfürchtige Mönch und Prior Andreas Proles zu Leipzig. – Obwohl die vom Bischof Johann VI. erbaute und geweihte Kirche kaum 100 Jahre stand, so sind doch in ihren Mauern noch „die Predigt des Evangeliums und die geistlichen Lieder Luthers und seiner Freunde vernommen worden.“ Längst hatte die Reformation auch unter der Bischofswerdaer Bürgerschaft viele Anhänger gefunden, nur die Nähe des seit 1539 in Stolpen für immer sich aufhaltenden Bischofs von Meißen und die tyrannische Willkürherrschaft des eifrig katholisch gesinnten Bürgermeisters Tanner in Bischofswerda hinderte noch den allgemeinen Uebertritt. Aber ganze Scharen zogen an Sonn- und Festtagen auf die umliegenden Dörfer Rammenau, Frankental und Putzkau, um dem evangelischen Gottesdienste in den dortigen Kirchen beizuwohnen. Erst als die Macht der Bischöfe immer schwächer wurde, konnte Kurfürst Vater August es wagen, eine Visitation der Stolpener Pflege fast unter den Augen Bischof Johann IX. anzuordnen. Die Visitatoren, Hans Christoph v. Bernstein, Daniel Greser, Superintendent zu Dresden, und Anton Lauterbach, Superintendent zu Pirna, trafen am 31. Dezember 1558 in Bischofswerda ein, begannen schon den nächsten Tag, den 1. Januar 1559, ihr Werk, indem sie in der Person des Hieronymus Opitz den ersten evangelischen Pfarrer einsetzten und mit dem Pfarramte zugleich eine Superintendentur verbanden. Hieronymus Opitz war früher Schulmeister in Löbau gewesen, dann zu Roßwein, hierauf Diakonus in Döbeln, Pfarrer zu Mügeln, Hofprediger in Dresden. Er hat in Bischofswerda bis zu seinem Tode im Jahre 1591 segensreich gewirkt.
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